MD計算 パラメータファイルの中身をまとめる
はじめに
MD計算のパラメータファイルの中身をいじろうとしたけど、公式Documentationが英語で書いてありあまりわからなかったので、自分が理解しやすいようまとめようと思う。MD計算を勉強していく上で知識が増えてくると思うので、理解が深まった際には頻繁に更新していこうと思う。
パラメータ
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前処理
include
define
-DFLEXIBLE : "flexible water"を"rigid water"の代わりに用いる。normal mode analysisに有用かもしれない。
-DPOSRES : posre.itpをトポロジーに含める。位置制約を埋め込む際に用いられる。
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実行制御
integrator
md : 運動方程式を積算する際にleap-frogアルゴリズムを用いる。
sd : 正確かつ効率的なleap-frog確率的動力学積算器。
tinit
計算を走らせ始める時間[ps]。(default: 0)
dt
積算の時間ステップ[ps]。(default: 0.001)
nsteps
積算や最小化の際の最大のステップ数。(default: 0)
init-step
計算し始める最初のステップ。(default: 0)
simulation-part
パーツ番号の指定。ファイルがクラッシュしたシミュレーションをコピーする際に有用である。(default: 0)
comm-mode
重心にどう制約を設けるかの設定。
Linear : 重心の並進速度を除く。
Angular : 重心の並進速度と重心周りの回転速度を除く。
Linear-acceleration-correction :
None : 制約を設けない。
nstcomm
中心の移動を除去するステップ数の周期。 (default : 100)
comm-grps
重心の移動を除く中心のグループ。(default : whole system)
ランジュバン動力学
bd-fric
ブラウン動力学法における摩擦係数[amu ps-1]。0に設定すると、摩擦係数は(質量/tau-t)で計算される。(default: 0)
ld-seed
熱力学的ノイズで乱数生成器を初期化するために使われる。-1に設定すると、ランダムシードが適用される。(default: -1)
エネルギー最小化
emtol
最大の力の大きさがこの値よりも小さくなった時に最小化を終了する[kJ mol-1 nm-1]。(default: 10.0)
emstep
初期のステップサイズ[nm]。(default: 0.01)
nstcgsteep
nbfgscoor
シェル分子動力学
niter
シェルオプションと弱い制約を最適化する最大のイテレーション。(default: 20)
fcstep
